Dr Aafia Siddiqui telah dilahirkan di Karachi, Pakistan pada 2hb Mac, 1972. Beliau merupakan salah seorang daripada anak-anak Mohammad Siddiqui, iaitu seorang pegawai perubatan yang mendapat pendidikan dan latihan perubatan di England, dan Ismet. Beliau juga adalah ibu kepada tiga orang cahayamata dan merupakan seorang yang “tahfiz” al Quran. Dr Aafia dan ketiga-tiga orang anaknya telah ditahan oleh Ejen perisikan Pakistan pada bulan Mac 2003 dan kemudiannya diserahkan ke pihak Amerika di Afghanistan, di mana beliau telah dipenjarakan di Bagram dan dirogol berulang-kali, dicabul kehormatannya dan dikasari selama bertahun-tahun lamanya. Satu laporan di dalam akhbar Pakistani Urdu pada ketika itu menyatakan bahawa Aafia dan anak-anaknya telah diculik oleh pihak penguasa Pakistan dan dimasukkan ke pusat tahanan.
Moazzam Begg dan beberapa orang bekas tahanan Amerika yang lain melaporkan bahawa seorang tahanan wanita digelar “tahanan 650” telah dimasukkan ke Pangkalan Udara Bagram di Afghanistan. Yvonne Ridley, penulis Cageprisoners.com telah menulis tentang “tahanan 650”(Aafia), mengenai kisah penyiksaan dan penderaan ke atasnya di mana beliau dirogol berulang-kali selama empat tahun.
“ Tangisan dan raungan wanita tidak berdaya ini bergema(dengan penuh nada penyeksaan) di dalam penjara itu, sehingga mendesak para tahanan untuk melancarkan mogok lapar.” Yvonne menggelar beliau sebagai wanita bayangan kerana beliau adalah mirip seperti hantu, sesuatu yang tangisan, rintihan dan raungannya terus menerus menghantui sesiapa sahaja yang mendengarnya. Suara seperti ini tidak akan pernah berlaku pada wanita Barat.”
Kedua-dua pihak kerajaan Pakistan dan pihak bertanggungjawab di Amerika menafikan sebarang pengetahuan tentang kisah pemenjaraan dan penahanan Aafia sehingga kisah beliau terbongkar ke perhatian umum dan mendapat tumpuan pihak media. Fitnah dan pertuduhan serta merta direka terhadap beliau kononnya beliau telah terlibat dengan keganasan dan tuduhan tidak masuk akal bahawa beliau telah merampas senjata dari pegangan seorang tentera Amerika dan menembak seorang pegawai tentera Amerika.
Pada 4hb Ogos 2008, pendakwaraya persekutuan di Amerika mengesahkan bahawa Aafia Siddiqui telah diekstradikasi dari Afghanistan ke Amerika di mana beliau telah ditahan sejak pertengahan bulan Julai 2008. Pihak pentadbiran Amerika mengatakan bahawa Aafia telah ditangkap oleh pihak berkuasa Afghanistan di luar kompaun Gabenor Ghazni dan memiliki beberapa manual tentang letupan dan “bahan kimia merbahaya di dalam sebuah bikar yang bertutup” yang terdapat di dalam pegangannya. Mereka seterusnya menuduh bahawa ketika ditahan reman, Aafia telah melepaskan tembakan kepada pegawai-pegawai pihak berkuasa Amerika(tiada sesiapa diantara mereka yang tercedera), namun sebaliknya, Aafia sendiri yang
Pada bulan Ogos 2008, sebuah penulisan dalam The News telah mendedahkan penderaan yang telah dilakukan terhadap Aafia semasa beliau ditahan di bawah penjagaan Amerika:
• Sebelah dari buah pinggangnya telah dibuang
• Semua gigi beliau telah dicabut
• Hidung beliau telah dipatahkan dan dibetulkan semula dalam keadaan yang tidak sempurna
• Luka tembakan beliau tidak dirawat dengan sempurna, menyebabkan darah berterusan mengalir dari lukanya dan dibiarkan membasahi pakaian beliau
Pada 11hb Ogos 2008, akhbar Reuters melaporkan, Aafia muncul di hadapan mahkamah untuk bersidang dengan berkerusi roda, dan peguamnya telah merayu kepada hakim supaya memastikan beliau mendapat rawatan perubatan yang sepatutnya. Elizabeth Fink, salah seorang peguam beliau berkata kepada hakim:
“ Dia telah berada di sini selama seminggu wahai Tuan Hakim, dan tiada seorang doktor pun yang merawat beliau, walaupun pihak berkuasa Amerika tahu bahawa beliau telah ditembak.”
Peguam Aafia, Elizabeth Fink memberitahu hakim persekutuan di New York bahawa terdapat bukti yang menunjukkan Aafia telah dipenjarakan dan diperlakukan tanpa peri kemanusiaan dalam jangka masa yang panjang. Menurut dokumen yang diserahkan oleh Fink kepada mahkamah, Aafia telah memberitahu kakitangan penjara, beliau sangat risaukan anak-anaknya dibiarkan kelaparan, kebuluran dan diseksa. Beliau seterusnya menyuruh mereka untuk membungkus makanan dari pinggannya dan menghantarkan kepada anaknya di Afghanistan.
Seorang lagi peguam beliau, Elaine Whitfield Sharp berkata, “Kami tahu beliau pernah berada di penjara Bagram untuk jangka waktu yang lama. Ianya sangat lama. Menurut klien saya, beliau ditahan di sana beberapa tahun didalam penjagaan pihak Amerika, dan beliau diperlakukan dengan amat kejam.”
Aafia kekal di pusat tahanan Amerika di New York, dengan keadaan tahap kesihatan yang amat teruk, beliau juga sering dihadapkan dengan penghinaan yang memalukan, dibogelkan dan di siasat seluruh rongga dengan cara yang amat menghinakan setiap kali beliau menerima pelawat secara sah ataupun selepas muncul di mahkamah. Beliau kemudiannya menolak untuk berjumpa dengan para peguambela beliau. Satu laporan juga menyatakan bahawa beliau berkemungkinan menghidap kerosakan sel-sel otak dan sebahagian dari usus kecil beliau telah dipotong dan dibuang. Peguamnya berkata bahawa Aafia menunjukkan gejala-gejala yang konsisten dengan penghidap Tekanan Perasaan Disebabkan Trauma (Post Traumatic Stress Disorder)
